Para la poda y el cuidado del bonsái, es mejor que no use utensilios de cocina o de jardín. Para este propósito, se han desarrollado herramientas especiales en las tradiciones orientales del siglo. Por ejemplo, se podría cortar alambre de cobre o aluminio con un cortador lateral. Pero tan pronto como desee quitar este mismo cable de su árbol mientras está en una rama, el cortador lateral dañará el árbol y la corteza. Es por eso que hay cortadores de wite específicos para Bonsai, especialmente diseñados para este propósito. Lo mismo vale para las tijeras que se usan para podar y cortar. Para Bonsai más grandes, hay disponibles versiones más grandes de las herramientas, y para Bonsai pequeñas, las herramientas de forma similar están disponibles en una versión más pequeña. Para editar madera muerta hay gubias especiales y cinceles disponibles. Para trasplantar un Bonsai hay rastrillos especiales y palos de trasplante. Estos están destinados a desenredar las raíces del árbol. Como resultado, el suelo fresco rodea todas las raíces de manera que el bonsái pueda crecer nuevamente de manera óptima.
